Em 1978 a Projeto Educação e Trabalho iniciou suas atividades na educação especial. Naquela época existiam poucas instituições voltadas à pessoas portadoras de deficiência mental. Não eram conhecidos programas educativos eficientes e pouco se sabia sobre o assunto.

Nesta época, a escola inciou uma metodologia baseada na premissa de que cada pessoa atendida é um ser único, especial, dotada de características próprias de personalidade.

A Projeto Educação e Trabalho, que naquele período tinha outra denominação, foi uma das escolas pioneiras na implantação do primeiro grau especializado.

Livros didáticos foram adaptados e estratégias especiais criadas. Os resultados começaram a aparecer. Hoje, os métodos e estratégias desenvolvidos são utilizados em algumas escolas do ensino regular.

A primeira etapa foi vencida: pessoas com necessidades especiais conseguiam se alfabetizar. Depois do domínio da leitura, da escrita e da matemática, era necessário dar continuidade ao processo. Seria necessário integrar estas pessoas. Mas integrar no verdadeiro sentido da palavra: criar emprego, prepará-las para o trabalho, fazer com que desenvolvessem atitudes socialmente aceitáveis.

Em 1991 surgiu um novo desafio: educação básica associada ao trabalho. Foi criada a Projeto Núcleo Integrado Educação e Trabalho. Em 2003, com o objetivo de participar de forma efetiva do processo de inclusão social da pessoa deficiente, a escola transformou-se em entidade filantrópica - Associação Nova Projeto Educação e Trabalho para Pessoa Especial.